我是這么理解和計算的，請錯請指正。題目中有三方參與了土地交易。這里我分別用甲乙丙代稱。共發生兩場交易。第一場交易：若干年前，甲向乙出讓市區內土地一塊，當時土地出讓價格為20萬/畝。甲可能應該繳稅，但是與乙無關,與第二場交易的稅也無關。
計算土地增值稅的公式為：應納土地增值稅=增值額×稅率
1、公式中的“增值額”為納稅人轉讓房地產所取得的收入減除扣除項目金額后的余額。
納稅人轉讓房地產所取得的收入，包括貨幣收入、實物收入和其他收入。
計算增值額的扣除項目：
(1)取得土地使用權所支付的金額;
(2)開發土地的成本、費用;
(3)新建房及配套設施的成本、費用，或者舊房及建筑物的評估價格;
(4)與轉讓房地產有關的稅金;
(5)財政部規定的其他扣除項目。
2、土地增值稅實行四級超率累進稅率：
增值額未超過扣除項目金額50%的部分，稅率為30%。
增值額超過扣除項目金額50%、未超過扣除項目金額100%的部分，稅率為40%。
增值額超過扣除項目金額100%、未超過扣除項目金額200%的部分，稅率為50%。
增值額超過扣除項目金額200%的部分，稅率為60%。
上面所列四級超率累進稅率，每級“增值額未超過扣除項目金額”的比例，均包括本比例數。
納稅人計算土地增值稅時，也可用下列簡便算法：
計算土地增值稅稅額，可按增值額乘以適用的稅率減去扣除項目金額乘以速算扣除系數的簡便方法計算，具體公式如下：
(一)增值額未超過扣除項目金額50%
土地增值稅稅額=增值額×30%
(二)增值額超過扣除項目金額50%，未超過100%的土地增值稅稅額=增值額×40%-扣除項目金額×5%
(三)增值額超過扣除項目金額100%，未超過200%的土地增值稅稅額=增值額×50%-扣除項目金額×15%
(四)增值額超過扣除項目金額200%
土地增值稅稅額=增值額×60%-扣除項目金額×35%
公式中的5%，15%，35%為速算扣除系數。
例：某房地產開發公司出售一幢寫字樓，收入總額為10000萬元。開發該寫字樓有關支出為：支付地價款及各種費用1000萬元;房地產開發成本3000萬元;
財務費用中的利息支出為500萬元(可按轉讓項目計算分攤并提供金融機構證明)，但其中有50萬元屬加罰的利息;轉讓環節繳納的有關稅費共計為555萬元;該單位所在地政府規定的其他房地產開發費用計算扣除比例為5%。試計算該房地產開發公司應納的土地增值稅。
答：(1)取得土地使用權支付的地價款及有關費用為1000萬元
(2)房地產開發成本為3000萬元
(3)房地產開發費用=500-50+(1000+3000)×5%=650(萬元)
(4)允許扣除的稅費為555萬元
(5)從事房地產開發的納稅人加計扣除20%
允許扣除額=(1000+3000)×20%=800(萬元)
(6)允許扣除的項目金額合計=1000+3000+650+555+800=6005(萬元)
(7)增值額=10000-6005=3995(萬元)
(8)增值率=3995÷6005×100%=66.53%
(9)應納稅額=3395×40%-6005×5%=1297.75(萬元)
乙，也就是題目中的某房地產公司，在這若干年中間，在這塊土地上蓋了房子。第二場交易：現在，乙向丙以150萬/畝價的格轉讓這塊土地。房屋作為附著物送給了丙。在第二場交易中，乙，也就是題目中的某房地產公司，應該按照如下匯算清繳土地增值稅：
(1)轉讓總收入：100畝×150萬/畝=15000萬。
(5)取得土地使用權所支付的金額：100畝×20萬/畝=2000萬;
(6)舊物及建筑物的評估價格：15000元/平×100畝×667×0.4=26680平×3500元/平=9338萬;(10.11.13)營業稅及附加：(15000萬-2000萬)×5.6%=728萬;(12)印花稅：15000萬×0.05%=7.5萬。
(4)扣除項目合計：2000萬+9338萬+728萬+7.5萬=12073.5萬;(14)增值額=15000萬-12073.5萬=2926.5萬;
(15)增值額與扣除項目合計之比：2926.5萬÷12073.5萬=24%。(16)查表得適用稅率為30%;所以：該房地產公司乙應繳納土地增值稅=2926.5萬×30%=877.5萬。該房地產公司乙應繳納營業稅及附加：(15000萬-2000萬)×5.6%=728萬;該房地產公司乙應繳納印花稅：15000萬×0.05%=7.5萬。丙作為土地的受讓方，應該繳納契稅：15000萬×5%=750萬。此外，丙應該在產權證上貼花，每證5元。計算方法如下：
