根據《關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》：
第三條、增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票、機動車銷售統一發票以及海關繳款書，未在規定期限內到稅務機關辦理認證、申報抵扣或者申請稽核比對的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣。
根據《關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》：
第一條、增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。
第二條、實行海關進口增值稅專用繳款書(以下簡稱海關繳款書)“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的海關繳款書，應在開具之日起180日內向主管稅務機關報送《海關完稅憑證抵扣清單》(包括紙質資料和電子數據)申請稽核比對。
未實行海關繳款書“先比對后抵扣”管理辦法的增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的海關繳款書，應在開具之日起180日后的第一個納稅申報期結束以前，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。
參考資料來源：國家稅務總局-關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知
根據《國家稅務總局關于全面推行增值稅發票系統升級版有關問題的公告》(國家稅務總局公告2015年第19號)規定，增值稅專用發票尚未交付購買方或者購買方拒收的，銷售方應于專用發票認證期限內在增值稅發票系統升級版中填開并上傳《信息表》。因此，除了屬于《國家稅務總局關于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第50號)第二條的客觀原因以外，超過認證期沒有認證的增值稅專用發票，不可以申請開具紅字增值稅專用發票。 客觀原因包括如下類型：
(一)因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期;
(二)增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期;
(三)有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網絡故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期;
(四)買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，注銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期;
(五)由于企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期;
(六)國家稅務總局規定的其他情形。
答:我們先看看在2016年7月31日之前的規定，當時開具紅字增值稅專用發票的文件是《關于全面推行增值稅發票系統升級版有關問題的公告》(國家稅務總局公告2015年第19號)第五條第一款規定，一般納稅人開具增值稅專用發票或貨物運輸業增值稅專用發票(以下統稱專用發票)后，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止以及發票抵扣聯、發票聯均無法認證等情形但不符合作廢條件，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓，需要開具紅字專用發票的，暫按以下方法處理。關鍵是，這一款下面還有一句話:專用發票尚未交付購買方或者購買方拒收的，銷售方應于專用發票認證期限內在增值稅發票系統升級版中填開并上傳《信息表》。
因此，在2016年7月31日前，文件是明確規定，超過認證期限的專用發票，是不得填開信息表進行沖紅處理的。
但是在2016年8月1日以后，總局又下發了一個新的文件，《國家稅務總局關于紅字增值稅發票開具有關問題的公告》(國家稅務總局公告2016年第47號 )第一條規定，增值稅一般納稅人開具增值稅專用發票后，發生銷貨退回、開票有誤、應稅服務中止等情形但不符合發票作廢條件，或者因銷貨部分退回及發生銷售折讓，需要開具紅字專用發票的，按以下方法處理:
銷售方開具專用發票尚未交付購買方，以及購買方未用于申報抵扣并將發票聯及抵扣聯退回的，銷售方可在新系統中填開并上傳《信息表》。銷售方填開《信息表》時應填寫相對應的藍字專用發票信息。
分析上述規定，尚未交付購買方的增值稅專用發票需要開具紅字發票，必須在“認證期限內”上傳《信息表》的規定已經作廢。2016年47號公告中并沒有規定必須在“認證期內”，從文件上說超過認證期限未認證的發票也可以開具紅字發票了，雖然可以從增值稅發票管理新系統中開出，但是超期未認證抵扣，開具紅票后重新開具藍字發票，再行抵扣的行為可能會給企業帶來涉稅風險。所以建議取得所屬稅務機關同意后，再行開具紅字發票。
